一是准确运用宽严相济的刑事政策指导金融刑事司法工作。宽严相济刑事政策在金融犯罪立法领域主要体现为，刑法仅是将社会危害性最为严重的一部分金融违法行为升级为犯罪，严格限制金融犯罪与金融违法违规之间的界限，防止出现金融犯罪的泛化倾向。司法实践中，对达到追诉标准的经济(金融)犯罪行为要依法追究，对尚未达到追诉标准或者虽然达到追诉标准，但有其他多种因素影响对该行为社会危害性程度评价的，则要慎重启动刑事追究程序。在惩治金融犯罪时，并非对所有符合构成要件的行为都进行无差别对待，而是只选择其中的一部分进行重点打击。这种情况在打击内幕交易、操纵证券期货等金融犯罪时比较突出。此即为“选择性打击”。刑法中规定的一些金融犯罪罪名，大多情况下处于备而不用的状态，但在特定时期可能被激活。
二是切实提高金融犯罪新罪名司法认定的水平和能力。近年来，全国人大常委会陆续通过了《刑法修正案(五)》、《刑法修正案(六)》和《刑法修正案(七)》，增加完善了10余个金融犯罪罪名。这些金融犯罪罪名，有些是完全新增加的，例如骗取贷款、票据承兑、金融票证罪;有些是对刑法原有相关条文的罪状进行了修改，并进而影响到罪名的更新，例如操纵证券、期货市场罪。从刑事立法的角度及时出台新罪名或更新旧罪名，目的在于依法规范金融市场秩序，体现了国家层面对惩治金融犯罪的重视。司法机关针对这些金融犯罪新罪名要加强研究，尤其是注重对证券、期货类金融犯罪内在特征的分析研判，提高准确运用新罪名的能力。
三是建立完善检法内部金融案件专门办理部门的运行机制。就审判机关而言，目前设置的金融审判法庭已基本能够满足办理金融性质的民事案件的需要，中级以上法院的刑事审判第二庭负责办理金融犯罪案件，目前可能需要探索的是加强基层法院的刑事审判庭专业化建设，可考虑在庭内设置专门的金融犯罪案件审理小组，条件成熟的可考虑设置独立的金融犯罪案件刑事审判庭。
就检察机关而言，有必要建立金融案件专门办理部门，为此需首先明晰金融案件专门办理部门的受案范围。从公检法三机关有效分工配合的原则出发，同时考虑到检察机关法律监督机关的属性，笔者倾向于将金融犯罪案件专门办理部门的受案范围确定为破坏金融管理秩序罪、金融诈骗罪、金融机构工作人员实施的职务犯罪，以及其他主要是由金融机构工作人员实施的相关犯罪。金融类民事案件还是由民事行政检察部门归口受理比较适宜，这样有利于充分发挥检察机关查办刑事金融犯罪案件的专业优势。
目前，我国检察机关的内设业务机构大致是按照诉讼环节与案件属性相结合的标准划分的，这种划分方式基本符合我国刑事诉讼活动的程序要求，但对某些专业性很强或者办案难度很大的案件难以体现机构设置的专业优势。参考国外检察机关的内设机构，在设置具体办案部门时多强调突出案件的专业属性。例如，法国检察机关设有专司经济金融案件的公诉、商事案件的调查、与商事法院的联系和司法代理部门;德国检察机关内设部门分为普通常见案件的办理部门和特殊案件的办理部门;日本检察机关在内设机构设置上，实行的是诉讼职能与案件类型相结合的方法;美国的联邦和州检察机关都设有特别起诉处(局)，负责涉及政府官员腐败、工会官员腐败、侵犯民权、复杂的银行内部诈欺以及复杂的金融和白领犯罪等类刑事案件的侦查和起诉;英国检察机关办案部门包括有组织犯罪部门、反恐怖主义部门和其他特殊犯罪部门。可见，对专业性要求较高的特殊类别的案件，设置专门的机构负责办理，是各国检察机关的普遍做法，值得我们借鉴。
近年来，我国检察机关的专业化办案改革进程较为明显，一些地区的检察机关陆续设置了未成年人犯罪检察处、知识产权犯罪检察处等以案件性质为标准的专业化办案机构。为强化检察机关查办金融犯罪案件职责，适时建立金融犯罪检察处很有必要。笔者建议，试点地区的检察院可统一设置金融犯罪检察处，统一负责金融犯罪案件的侦查监督、审查起诉工作。对于属检察机关管辖的金融职务犯罪案件，建议仍由所在检察院的反贪、反渎部门受理。理由在于，案件侦查工作与案件审查批准逮捕、审查起诉工作在工作方法、人员配备、专业知识储备等方面存在较大差异，由职务犯罪侦查部门办理有利于发挥其职能优势，强化突破金融职务犯罪案件的工作力度。
四是加强公检法三机关金融刑事司法体制的衔接配合。建立公检法三机关办理金融犯罪案件协调机制，主要包括:一要建立重要情况信息互通机制。三机关应当定期总结各自办理金融犯罪案件的新情况、新问题，并及时相互交流，对存在认识分歧的金融犯罪法律适用问题，要及时提出法律适用参考意见，统一执法办案尺度。
