理论上，行为人收受贿赂后，为请托人谋取利益的行为同时触犯刑法规定，构成其他犯罪的，属于牵连犯形态，应当从一重处罚。但从我国刑法和相关司法解释的规定来看，对该种情况的处理存在不同的规定。如，刑法第399条第3款规定，司法工作人员徇私枉法或枉法裁判，同时又构成受贿罪的，依照处罚较重的规定定罪处罚。而最高人民法院《关于审理挪用公款案件具体应用法律若干问题的解释》第7条明确规定：“因挪用公款索取、收受贿赂构成犯罪的，依照数罪并罚的规定处罚”。为此，构成受贿罪的同时又构成滥用职权罪、玩忽职守罪等其他罪名的情形在实践中如何定罪未能统一。我们认为，刑法规定的受贿犯罪包括受贿罪、公司、企业人员受贿罪、单位受贿罪的客观方面不仅包括行为人收受他人贿赂，还包括行为人为请托人谋取利益，这两者都为受贿犯罪所对应的所评价。如果对行为人受贿后为请托人谋取利益的行为再单独定罪并实施数罪并罚的话，就将导致对同一犯罪行为的重复评价。因此，《指导意见》倾向于择一重罪处罚。
（六）关于与商业贿赂相关概念的界定
首先是亲友之间的正当馈赠行为与商业贿赂的区分。我国是一个崇尚礼尚往来的社会，但现实中大量的商业贿赂犯罪隐藏于人情往来之中。《指导意见》主要从以下几个因素的结合上来区分两者间的罪与非罪：（1）送、收双方有无职务隶属或业务制约关系，如无此类关系，一般不认定为受贿犯罪；（2）送、收双方是否能够作出合理解释，如能够合理解释，一般不认定为受贿犯罪；（3）是否有后续请托事项并为请托人谋取利益，如有，且双方对之前的财物不能作出合理解释，即便双方无职务上的隶属或业务上的制约关系，一般认定为受贿犯罪且对之前多次收受的财物予以累计。
其次是关于回扣与折扣的规定。根据国家工商行政管理局《关于禁止商业贿赂行为的暂行规定》第5条第2款的规定，回扣“是指经营者销售商品时在帐外暗中以现金、实物或其他方式退给对方单位或者个人的一定比例的商品价款。”该文件第6条第1款规定：“经营者销售商品，可以以明示方式给予对方折扣。经营者给予对方折扣的。必须如实入账；经营者或者其他单位接受折扣的，必须如实入账。”暗中回扣是商业贿赂的一种典型的多发性的形式，而明示且如实入账的折扣是法律所允许的商业行为，这一点在法律适用上应当没有争议。《指导意见》第十条的规定主要是出于法律宣示意义的考虑。
（七）关于特殊领域商业贿赂的疑难问题
1、医药购销领域
医院工作人员受贿的定性问题是实践中争议较大的问题。国有医院中从事公务的国家工作人员作为受贿罪的主体，这一点没有疑异。但对医院中普通医生身份的认定则有多种说法。医生的身份认定离不开对医院的单位性质的认定。以传统观念来理解，医院应属事业单位，但是由于当前大多医院都具有营利性质，它又具有企业的部分特征，这就使医院的单位性质变得模糊。由此导致一个问题，即对国有医院中的普通医生利用开处方收取药商贿赂的行为能否以受贿罪论处。一种观点认为，普通医生开处方的行为只是一种技术性劳务，不属于从事公务，不能认定为国家工作人员。另一种观点认为，普通医生行使的处方权可以视为医院管理权的延伸，对其可以认定为国家工作人员。
《指导意见》试行的时候，《刑法修正案（六）》刚刚通过并对刑法第163条和164条作了修正，将公司、企业人员受贿罪的主体扩大为公司、企业和其他单位人员。在《刑法修正案（六）》实施后，对医院、学校的工作人员受贿的，就可以以刑法第163条规定的公司、企业和其他单位人员受贿犯罪论处。但当时司法界有一种观点认为，《刑法修正案（六）》对其他单位人员的界定不包括国有单位。如果这一观点成立，那么对国有医院的普通医生就不能依据修正后的刑法第163条公司、企业及其他单位人员受贿定罪。因此，《指导意见》将本条原第二款的规定删去。原第二款规定：不具有国家工作人员身份的医院工作人员在《刑法修正案（六）》通过实施后2006年6月29日通过利用职务之便收受贿赂数额较大或者情节严重的，依照刑法第163条公司、企业及其他单位人员受贿罪的规定定罪处罚。
现在，“两高”《关于办理商业贿赂刑事案件适用法律若干问题的意见》明确了“其他单位”的含义以及医务人员构成商业贿赂犯罪的刑事责任问题，弥补了此前法律规定的不足。
2、工程建设领域
在工程建设项目预决算中，承包人向建设单位管理人员行贿，建设单位管理人员因此疏于监管职责，致使承包人以虚设项目、重复计算工程量等手段骗取工程款的，对承包人和建设单位管理人员只能分别以行贿犯罪和受贿犯罪论处。但若有证据证明双方对骗取工程款有犯意沟通和联络，则可以以贪污罪共同犯罪论处，《指导意见》专门做了如上规定，以有力惩处此类侵吞国有资产的行 为。
3、政府采购和招投标领域
《指导意见》第十四条政府采购和国有工程建设招标等环节里，受委托参与评标的评委的性质认定为刑法第93条规定的“其他依照法律从事公务的人员”。当时，《刑法修正案（六）》刚刚出台尚未实施，对于修正后的第163条中“其他单位”的界定尚不明确。制定《指导意见》时的理解是在政府采购和国有工程建设招标等环节中，受委托参与评标的评委行使一定的国有资产的管理、处分职责，具有公务性质。
但最新出台的“两高”《关于办理商业贿赂刑事案件适用法律若干问题的意见》将依法组建的评标委员会、竞争性谈判采购中谈判小组、询价采购中询价小组的组成人员归为非国家工作人员，而将评标委员会、竞争性谈判采购中谈判小组、询价采购中询价小组中国家机关或者其他国有单位的代表归为国家工作人员，系根据行为人的原有身份界定此罪与彼罪。该项规定拓宽了商业贿赂的主体范围、严格限定了国家工作人员的主体范围，也是符合《刑法修正案（六）》有关非国家工作人员受贿罪的修正精神，是对该罪名主体范围的明确。
