根据我国刑事诉讼理论界的一般认识，立案程序具有以下几个方面的意义：第一，立案是刑事诉讼的开始和必经程序。公安司法机关进行刑事诉讼，必须严格依照法定程序进行，不能随意超越、颠倒任何一个诉讼阶段，只有这样，才能保证公安司法机关准确、及时、有效地处理刑事案件，保证刑事诉讼任务和目的的实现。总之，没有立案程序，就没有刑事诉讼的整个过程。第二，正确、及时立案，有利于迅速揭露犯罪，证实犯罪和惩罚犯罪。第三，正确、及时立案，可以有效地保护公民的合法权益不受侵犯。公安司法机关通过立案前的审查，发现不具有犯罪事实或者依法不应当追究被告人刑事责任的情形时，就不应当立案，从而避免公安司法机关对不应当追究刑事责任的无辜者错误地进行刑事追究，防止和减少冤假错案，从刑事诉讼的第一道关口上保障公民的合法权益不受侵犯。第四，正确、及时立案，有利于做好司法统计工作，有利于加强社会治安综合治理。[15]可见，对于现行的程序启动模式，我国刑事诉讼理论界的基本态度是肯定和褒扬。但是，近年来也有学者开始从理论上对现行立案程序的合理性进行质疑，甚至有学者提出了废除立案程序的主张。我们认为，前述关于立案程序的价值和意义的认识是不成立的。首先，“立案程序是刑事诉讼的开始和必经程序”是个伪命题，因为这是“文化创造”的产物，而不是创造的制度基础。立案程序作为我国刑事诉讼的开始和必经阶段，它是立法者秉承特定的程序理念(文化)通过立法塑造的结果，因此，它是本质先于存在的，并不能用来论证立案程序本身的价值。其次，认为立案程序有利于 “正确、及时立案，有利于迅速揭露犯罪，证实犯罪和惩罚犯罪”，这是不符合经验事实的。正如前面分析指出的，程序启动模式的缺陷恰恰在于不能及时对犯罪作出反应，无法及时揭露犯罪、证实犯罪和惩罚犯罪。再次，立案作为司法统计和社会治安综合治理的资料来源和信息供应的功能，完全可以通过建立犯罪消息登记制度来予以替代。最后，立案程序存在的表面上最为充分的理由，即“正确、及时立案，可以有效地保护公民的合法权益不受侵犯”，这一结论实际上仅仅在理论上成立，由于始终无法建立有效的操作标准，导致这一目的在实践中的落空，甚至适得其反。例如根据我国刑事诉讼法的规定，立案必须具备两个条件，一是有犯罪事实发生，二是需要追究刑事责任，二者同时具备才能立案。严格立案条件的目的是将不具备追诉条件的案件在立案阶段就将其挡在刑事程序之外。但是，目的不能决定过程、动机不能取代手段，一项动机良好的制度安排可能因为缺乏可供操作的标准而在实践中完全走样、甚至落空。我国关于立案条件的规定由于违背人的认识规律而存在着逻辑上的悖论，因为“是否有犯罪事实存在以及是否需要追究刑事责任”，这是需要通过侦查程序的运作来予以查明的，它是侦查的结果而非侦查的前提。如果将之作为侦查程序启动的前提条件，那么无疑是违背了人的认识规律、倒果为因。而一种违背人的认识规律的制度安排显然是不具有可操作性的，其结果只能导致制度本身在实践中的异化或虚置。从我国目前的情况来看，立案程序在司法运作中主要呈现出两种命运：一是异化。即违背立案程序本身设立的初衷，而服务于另外的目的(通常是立案权力拥有者的非法目的)。在我国当前法治环境总体不甚理想的背景下，立案程序的异化，带来的是权力的失控，实践中有的侦查人员或机关利用立案的高标准，将应该按照刑事案件的处理的案件当成一般治安案件来办理，大案化小、重罪化轻、以罚代刑，对重大刑事案件不及时侦查，久拖不结，使犯罪分子逃脱了法律的严惩，受害人的生命财产安全得不到有效的保护。[16]同时，在实践中，由于立法规定的立案程序的条件较高，导致实践中侦查机关“不破不立”、“破了才立”等规避法律现象的发生。例如前段时间沸沸扬扬的黑哨事件，社会舆论不断呼吁“司法介入”，但侦查机关却以无人举报、缺乏证据为由，持观望态度、拒不介入。应当说，我国的立案程序给了侦查机关很好的借口，因为，立案程序要求在立案之前不得展开侦查活动，而立案本身要求有证据证明有犯罪事实发生以及需要追究刑事责任。于是社会舆论呼吁侦查机关介入进行侦查，但侦查机关要求舆论界提供存在假球、黑哨的证据，社会舆论的反驳则表明了一个常识，也指出了立案程序的荒唐，“你们不侦查，怎么会有证据。如果我们有证据，还要你们侦查机关干什么。”二是虚置。由于法律规定的立案条件不具有可操作性，为了及时发现犯罪、打击犯罪，侦查机关在实践中必然脱离法律的规定而自行其是，自行降低程序启动的标准，这就导致立案程序事实上被虚置。在实践中，司法机关往往通过制定司法解释的方式自行降低侦查程序启动的标准，常见的形式是规定在立案阶段，侦查机关有权进行“初查”，根据1999年高检发布的《关于检察机关反贪污贿赂工作若干问题的决定》的界定，“初查是检察机关对案件线索在立案前依法进行的审查，包括必要的调查。”《人民检察院刑事诉讼规则》第128条规定，在举报线索的初查过程中，可以进行询问、查询、勘验、坚定、调取证据材料等不限制被查对象人身、财产权利的措施。不得对被查对象采取强制措施，不得查封、扣押、冻结被查对象的财产。显然，这种“初查”与正式的侦查比较起来，难说有本质上的区别，但是由于初查可以仅仅根据举报线索而发动，具有较强的随机性特征，这就使侦查机关可以绕过立案程序，随机性地启动侦查程序，而立法所规定的正式程序——立案程序却被虚置了。立案程序的异化和虚置是对法律权威、司法权威的莫大伤害，它将极大地动摇守法公民对法治的信仰和依赖，更为重要的是，立案程序的异化和虚置使得立案程序不但不能“有效地保护公民的合法权益”，反而成为危及公民人权的刃器。

　　我们认为，侦查程序中自由价值与秩序价值的平衡是一种动态平衡，而非静态平衡，它不是要求在侦查程序的每一阶段、环节，都要求对自由和秩序同等关注、不分厚薄，而是在有重点、有优先的前提下的平衡关照。就侦查程序的启动而言，由于犯罪本身的隐秘性和突发性，应当优先考虑秩序价值，否则，许多犯罪行为将难以受到及时的司法追究。为此，不应当对侦查程序的启动附加不必要的程序限制，而应充分保持其启动上的主动性和随机性。至于侦查程序的运行和终结阶段，则应更多地关注自由价值的实现，注意通过相应的程序机制来制约侦查机关的权力行使(关键是建立强制侦查的司法审查机制)，使涉讼公民的基本人权得到尊重和保障。因此，我们认为，应当根据侦查程序本身的特点来建构启动程序，就当前而言，应当逐渐淡化立案程序的案件分流功能，取消其作为刑事诉讼的一个独立阶段的地位，将之改造为侦查程序的前期工序，即只作为一种犯罪消息登记程序，用以获悉和记载犯罪消息，作为侦查程序发动的动力(信息)来源。